قد تساعد التأثيرات القوية المضادة للبكتيريا لعسل مانوكا في علاج قرحة المعدة التي تسببها بكتيريا الملوية البوابية. قد يمنع أيضا قرحة المعدة التي يسببها الكحول.
قد يساعد عسل مانوكا في تقليل أعراض متلازمة القولون العصبي (IBS) وهو اضطراب هضمي شائع. تشمل الأعراض المرتبطة به الإمساك والإسهال وآلام البطن وحركات الأمعاء غير المنتظمة.